본교 축구부는 1923년 11월 우리나라 체육활동이 시작되던 구한말 일제치하에 본교의 전신인 보성전문의 팀이 주축이 되어 활동하기 시작하였다. 그러나 운동장을 갖추지 못해 다른 팀의 연습장을 전전해야 했던 보전 축구팀은 1929년 10월 제10회 전조선 축구대회에 출전하여 6년 만에 우승을 차지하는 쾌거를 이루었다. 이는 보전 축구가 전승가도를 달리는 계기가 되었다. 또한 일본에서도 훌륭한 성적을 올림으로써 축구 이외의 또 다른 운동 종목들이 성장할 수 있는 여건을 조성하며 우리나라 체육사에 서장을 열 수 있도록 하였다.

1948년 런던올림픽에 GK 로 출전한 홍덕영을 시작으로 지난 2002 FIFA 한ㆍ일 WORLD CUP에서는 가장 많은 선수 및 코칭스태프를 출전시켰으며 (코치 김현태, 정해성, 선수 홍명보, 최성용, 차두리, 이천수, 방송 차범근) 최성국, 서정원, 노정윤, 김대의, 이기형, 최성용, 조세권, 김정우, 이임생, 곽경근, 이성재, 박진섭 등이 국내 프로리그에서 각 팀의 주축선수로써 뛰어난 활약을 보이며 축구부의 역사와 전통을 계승해 나아가고 있다. 또한 1962년부터 진행되어 온 일본 와세다 대학과의 정기 교류전, 홍명보, 차두리, 이천수 등의 해외무대 진출로 이제 본교 축구부는 국내에서 뿐만 아니라 해외에서도 인정받는 축구 명문으로 발돋움 해 가고 있다. 매년 9월, 잠실벌 축제 정기 高ㆍ延 戰의 화려한 대미를 책임질 본교 축구부의 쉼 없는 정진은 오늘도 계속되고 있다.

1929년 5월 일본농대에서 럭비선수로 활약 중이던 이종구가 보성전문학교로 전교하여 팀을 창단하였다. 당시 5개월이라는 짧은 훈련으로 10월 13일 철도구장에서 경성상업과 첫 시합을 벌여 13:5로 분패했지만 이것이 바로 한국 럭비의 시초였다. 당시 럭비는 일본인의 전유물로 일본인 학교에서만 성행하였다. 때문에 일본인과의 경기에서 민족감정이 개입되어 선수들보다 응원단간에 불상사가 자주 일어나곤 했다. 1934년 12월에 있었던 수원고농과의 일전에서는 보전이 압도적으로 승리하자 목검, 죽도, 단검을 휘두르며 수원고농 일본인 학생들이 응원단에 난입했던 일도 있었다. 그러면서 보전 럭비팀은 해방 후에 우리나라 럭비 발전에 주도적인 역할을 하게 되었다.

6,25 전쟁 후 활동이 중단되기도 했지만 1954년 이후 다시 재건되어 1956년 최초의 정기 高ㆍ延 戰을 치러 6:0으로 이겨 서막을 승리로 이끌었으며 지금까지 우리나라 근대 럭비 발전의 중추로서 수많은 훌륭한 선수를 배출 해 오고 있다. 특히 지난 2번의(98년, 02년) 아시안 게임에서는 최창렬, 유민석, 김성남, 전종만, 조철형, 유민욱 등이 출전 하여 한국럭비가 2관왕 2연패를 달성하는데 크게 기여하였으며 실업팀인 삼성, 포항강판, 한국전력 등에서도 졸업생들의 활약이 두드러지고 있다. 최근 본교 럭비부는 2002년 부터 정기 高.延 戰 3연승이 말해주듯 2006년도에는 국내 실업팀 최강인 삼성 SDI의 전국체전 11연패를 저지하며 21년만에 전승으로 우승하는 등 대한민국 럭비종가로서 한국럭비발전을 위해 노력하고 있으며 우리선수의 해외진출에도 적극적인 노력을 기울이고 있다.

1948년 창설된 야구부는 6,25전란으로 해체되었다가 고ㆍ연전 부활로 급조되어 실력을 쌓아오던 중 1960년에는 대학야구연맹전에서 최초로 패권을 잡는 괄목할 진전을 보였다. 1973년에는 야구시합도중 연세응원석에서 일어난 화재가 고연전 사상 초유의 대단히 불행한 사건을 야기하기도 했다. 1971년 高ㆍ延 戰 사상 가장 극적인 명승부를 만들어낸 야구부는 9회말 2사후 타석에 들어선 이종도(현감독)의 동점홈런으로 경기를 뒤집은 사건을 거의 신기(神技)로 꼽고 있어 내내 고대인들에게 회자되고 있다. 국내프로야구의 출범을 계기로 본교 야구부는 더욱 명성을 떨치게 되었으며 국보급 투수라는 선동열을 배출한 것을 비롯하여 조성민, 이상훈, 마해영, 조경환, 박용택, 이택근, 김상훈, 김종국, 심재학, 홍원기, 김동주, 손혁, 진갑용 등의 많은 선수들이 활약하고 있으며 최희섭, 김선우가 미국 메이저리그로 진출하는 등 미국, 일본 등 야구선진국에서도 본교 출신 선수들의 선전이 두드러지고 있다.

19세기말 미국에서 시작된 농구 경기가 우리나라에 처음 소개된 것은 1907년이었으나 보성전문 농구팀이 대외경기 활동을 시작한 것은 그보다 22년 뒤인 1929년에 이르러서였다.

YMCA가 주최한 농구선수권전 제1회 전문부전에 출전하여 상대팀을 22:10으로 물리치고 우승한 것을 시작으로 1931년에는 조선체육회와 YMCA 공동주최로 열린 제1회 전조선농구대회 준결승에서 연희전문을 35:13을 대파, 마침내 우승을 하였다. 이렇게 보전 농구부는 연전과 선의의 라이벌 관계를 형성하며 끊임없이 상대교를 이기기 위한 노력을 아끼지 않았으며 이것이 훗날 우리나라 근대 농구발전의 초석이 되었다.

1938년 1월 동경국민체육관에서 벌어진 제17회 전 일본 종합농구선수권대회에서 보전은 또 다시 우승을 하였다. 이후 8,15해방과 6,25전쟁을 겪으며 전성기와 침체기를 거듭하며 발전하면서 본교 농구부는 우리나라 농구의 종가임을 지켜나가고 있으며 1968년부터 일본 메이지대학과 매년 정기 교류 경기를 갖고 1973년부터 1974년 까지 43연승이라는 대 기록을 수립하기도 하였다. 이렇듯 본교 농구부는 튼튼한 뿌리를 토대로 김진, 김동광, 전창진, 임정명, 김병철, 전희철, 양희승, 현주엽, 신기성, 박훈근, 이정래, 김상식, 정인교, 이규섭 등이 국내 프로농구팀에서 지도자 및 선수로서 활약하고 있다. 2003년 12월에 영입한 진효준 감독을 앞세워 최근의 부진을 만회하고 과거 화려했던 농부명가의 새로운 부활을 준비하고 있다.

1939년 1월 창단되어 빙판을 가르던 보전 빙구팀은 1946년 제1회 종별 빙구리그 대학부에 출전하여 우승을 시작으로 1947년과 1948년 각종대회에서 연세대를 대파하면서 그 위력을 떨치기 시작했다. 이렇게 연승가도를 달려온 본교 아이스하키팀은 1956년 1월 23일 한강특설링크에서 거행된 전국체육대회 경기 중 심판의 오심에 항의하다 부주의로 우승트로피를 손상시켜 대회 주최 측과 언론의 誤報로 인하여 한때 고초를 겪기도 했다. 그러나 본교 아이스하키팀은 그것을 계기로 자숙과 자성 속에서 더욱 강건한 팀으로 거듭나 1965년 高ㆍ延戰 정식종목으로 채택된 이후 7년여에 걸쳐 6승 1무라는 대 기록을 세웠으며 그 기세는 1970년대에 들어서도 좀처럼 꺾이지 않았다. 그러나 1980년대 중반에 들어서 한때 연세대의 기세에 고전을 면치 못하였으나 1998년에 본교 전용아이스링크의 완공과 더불어 전력의 향상으로 옛 명성에 조금씩 근접해 가고 있다. 현재 신현대, 이호정, 박성민, 조종하, 박준수, 배상훈 등이 한라위니아에서 선수로 활약하고 있으며 이 팀의 총감독을 본교 출신인 김세일이 맡고 있다. 9월의 진홍빛 축제인 高ㆍ延 戰에서 종합우승의 전령인 아이스하키부는 5개부 전승의 초석이 될 緖戰을 반드시 승리하기 위해 오늘도 얼음판을 지치고 있다.